Структурно Черноморское высшее военно-морское ордена Красной Звезды училище им.П.С.Нахимова состоит из: общеучилищных кафедр, факультета (Ракетного вооружения надводных кораблей), факультета (береговых ракетно-артиллерийских войск, специальной подготовки и специального вооружения), отделения (среднего профессионального образования), факультета переподготовки и повышения квалификации, факультета подготовки иностранных военнослужащих. Общеучилищные кафедры Факультет (ракетного вооружения надводных кораблей) Факультет (береговых ракетно-артиллерийских войск, специальной подготовки и специального вооружения) Отделение (среднего профессионального образования) Факультет переподготовки и повышения квалификации Факультет подготовки иностранных военнослужащих Факультет судовождения и энергетики судов